مرحوم آیت الله خوانساری پس از تحمل یک دوره بیماری دار فانی را وداع و به دیار باقی شتافت. حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی درگذشت عالم بزرگوار آیت‌الله حاج سیدمحمدباقر خوانساری را تسلیت گفتند. متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم‌الله‌الرّحمن‌الرّحیم
درگذشت عالم بزرگوار مرحوم آیت‌الله آقای حاج سیّدمحمّدباقر خوانساری رحمت‌الله‌علیه را که از نخستین روزهای نهضت امام خمینی رضوان‌الله‌علیه در شمار مدافعان فعّال نهضت محسوب می‌شدند و اقدامات ایشان در نجف اشرف در حمایت از امام خمینی منشأ اثر بود، به بازماندگان محترم و عموم ارادتمندان و علاقمندان به ایشان تسلیت عرض می‌کنم و علوّ درجات آن مرحوم را از خداوند متعال خواستارم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۲۸ بهمن ۹۴
تشییع جنازه آن مرحوم روز پنجشنبه 94/11/29 از میدان امام به سمت مسجد امام انجام گرفت و فرزند ایشان حجت الاسلام و المسلمین سید محمدکاظم خوانساری بر جنازه آن مرحوم نماز خواند.
آن مرحوم فرزند آیت الله العظمی سید محمد تقی خوانساری مرجع تقلید و استاد خارج فقه و اصول حوزه علمیه قم در سالهای بعد از رحلت مرحوم حاج شیخ عبدالکریم حائری یزدی بود.
